Відділ біології та екології
Відділ геології та геофізики
Відділ фізики атмосфери та геокосмосу
Станція “Академік Вернадський”
Науково-організаційний відділ
Відділ міжнародного наукового та науково-технічного співробітництва
Відділ із зв’язків з громадськістю та ЗМІ
Відділ фінансування науково-технічних проектів та бухгалтерського обліку
Відділ правового забезпечення
Відділ матеріально-технічного забезпечення та договірної роботи
Сектор адміністративної та кадрової роботи