Державна програма досліджень в Антарктиці стала основою для відбору та формуванню наукових колективів висококваліфікованих спеціалістів України навколо антарктичних досліджень. Експедиційні матеріали проходять додаткове вивчення в провідних лабораторіях та інститутах Києва, Одеси, Харкова, Львова.

Національний антарктичний науковий центр співпрацює зпровідними установами вузівської та академічної науки, зокрема національними університетами та інститутами Національної академії наук, Національної академії медичних наук, МОН, іншими установами та організаціями різних форм власності.

Національні університети:

   Київський національний університет ім.Шевченка

   Національний технічний університет України “Київський політехнічний інститут”;

   Харківський національний університет імені Каразіна;

   Львівський національний університет ім. Івана Франка;

   Одеський національний політехнічний університет;

    Національний авіаційний університет (м. Київ).

Інститути НАН України та НАМН України:

    Інститут геологічних наук НАН України (м. Київ);

    Інститут геофізики ім. С.І. Субботіна НАН України (м. Київ);

    Карпатське відділення Інституту геофізики ім. С.І. Субботіна НАН України (м. Львів);

    Інститут клітинної біології та генної інженерії НАН України (м. Київ);

    Інститут молекулярної біології і генетики НАН України (м. Київ);

    Інститут мікробіології і вірусології ім. Д.К.Заболотного НАН України (м. Київ);

    Інститут фізіології ім. А.А. Богомольця НАН України (м. Київ);

    Інститут зоології ім. І.І. Шмальгаузена НАН України (м. Київ);

    Інститут проблем математичних машин і систем НАН України (м. Київ);

    Львівський центр Інституту космічних досліджень НАН-НКА України (м. Львів);

    Радіоастрономічний інститут НАН України (м. Харків);

    Інститут ядерних досліджень НАН України (м. Київ);

    Центр Дослідження науково-технічного потенціалу та історії науки ім. Г.Н. Доброва НАН України (м. Київ);

    Український гідрометеорологічний інститут ДСНС України та НАН України (м. Київ);

    Інститут медицини праці НАМН України (м. Київ);

    Інститут психіатрії, неврології та наркології НАМН України (м. Харків);

    Національний науково-природничий музей НАН України (м. Київ).

Інші установи та організації:

    Головний центр спеціального контролю Державного космічного агентства України (смт. Макарів);

    Інститут рибного господарства та екології моря Державного агентства рибного господарства України (м. Бердянськ);

    Український гідрометеорологічний центр МНС України (м. Київ);

     Приватне підприємство «ЕСОММ Со» (м. Київ).

До анексії та окупації Криму Росією в 2014 р. НАНЦ співпрацював з авторитетними науковими інститутами НАН України – Інститутом біології південних морів ім. Ковалевського (м.Севастополь) та  Морським гідрофізичним інститутом (м.Севастополь), а також з  Південним науково-дослідним інститутом морського рибного хазяйства і океанографії (м. Керч).